[법인세][제조업] 특허권 양도 인정 세무조사대응

이 사건의 핵심 쟁점은 특허권의 실질 귀속입니다. 조사팀은 특허권 양수도 계약 후 2년이 지나서야 특허권이 이전등록되었고, 그 과정에서 관련 비용을 회사가 지출한 점을 근거로 특허권의 실질 귀속이 회사에 있다고 판단하였습니다.

조사팀은 특허권과 관련하여 다음과 같이 주장하였습니다.

• 특허권 양수도 계약 후 약 2년이 지난 시점에 특허권 권리가 이전등록되었으며, 그 사이에 관련 비용을 회사가 지출하였으므로, 특허권의 실질 귀속은 회사에 있다고 판단하였음

무사택스는 특허권의 실질 귀속이 대표자에게 있음을 입증하고, 회사에서 지출한 비용이 특허권의 귀속에 영향을 미치지 않는다는 점을 소명하였습니다. 구체적으로 다음과 같은 내용을 바탕으로 소명하였습니다.

• 특허권의 실질적 권리자는 대표자이며, 출원 당시부터 특허권에 대한 모든 권리는 대표자에게 있었음을 입증하였음
• 이 과정에서, 특허권과 관련한 주변인의 확인서, 기술을 완성한 이후의 발주서, 기술을 완성하는 과정에서 지출한 내역 등을 수집하여 제출함
• 특허권 출원 관련 비용을 회사에서 지출하였다고 하더라도, 이는 대표자의 개인적 사용에 대해 문제가 될 뿐, 이 사실만으로 특허권의 실질 귀속을 회사로 볼 수는 없음을 설명하였음
• 따라서, 이러한 비용은 소득처분의 대상이 될 수 있을지언정, 특허권의 귀속 문제에 영향을 미치지 않으며, 법인세법상 부당행위계산부인의 대상이 될 수 없음을 주장하였음

조사팀은 저희가 제출한 특허권의 귀속 관련 증빙자료와 비용 지출 내역을 검토한 후, 특허권의 실질 귀속이 대표자에게 있다는 점을 인정하였습니다. 그 결과, 특허권을 자산으로 취득한 것에는 문제가 없으므로 부당행위계산부인은 적용되지 않았으며, 특허권의 양도소득에 대한 문제도 해결되었습니다.