창업중소기업 세액감면 세무조사대응

H사는 IT 솔루션을 개발하는 기업으로, 창업 초기 자금 부담을 줄이기 위해 창업중소기업 세액감면을 적용하여 법인세를 감면받았습니다. H사는 창업 후 5년간 50%의 세액감면을 적용받으며 사업을 운영하였으나, 세무조사 과정에서 창업중소기업 요건 충족 여부에 대한 논란이 발생하였습니다. 조사팀은 H사가 감면 요건 중 기존 사업을 승계한 것으로 볼 수 있는지, 적용 대상 업종에 해당하는지, 사실상 감면 기간을 초과하여 감면을 유지한 것은 아닌지 등을 검토하였으며, 감면세액을 추징할 가능성을 제기하였습니다.

• 조사팀은 H사의 창업중소기업 세액감면 적용과 관련하여 다음과 같은 문제를 제기하였습니다.
• 기존 사업의 승계 여부: 창업 이전 대표이사가 유사 업종을 운영한 적이 있어, 실질적으로 기존 사업을 승계한 것으로 볼 수 있다는 주장
• 적용 업종 해당 여부: H사가 창업 당시 등록한 업종 코드와 실제 수행한 사업 내용이 일부 다르므로, 감면 적용 대상 업종에서 제외될 가능성이 있다고 의심
• 감면 기간 초과 적용 여부: 세액감면을 적용한 기간이 조세특례제한법에서 정한 감면 기간을 초과하여 적용되었을 가능성 검토

• 무사택스는 H사가 창업중소기업 세액감면 요건을 충족하고 있으며, 감면 적용이 정당함을 입증하기 위해 다음과 같은 전략을 수립하였습니다.
• 기존 사업 승계 여부 소명
  - 판례에 따르면, 대표이사가 과거 유사 업종을 운영했다고 해서 창업중소기업 감면 대상에서 제외되는 것은 아니며, 사업 자산이나 인적·물적 설비를 승계했는지 여부가 판단 기준이 됩니다.
  예: 특정 판례에서는 대표이사가 기존에 운영하던 사업과 신규 창업한 사업이 법적으로 별개이고, 사업 자산을 승계하지 않은 경우 감면 적용이 가능하다고 인정한 사례가 있습니다.
  - H사의 창업 과정에서 기존 사업체와 법적으로 분리된 상태에서 새롭게 법인을 설립하였음을 입증하기 위해, 법인 설립 등기부등본, 사업자등록증, 기존 사업체와의 거래 내역 분석 자료 등을 제출하였습니다.
  - 또한, 기존 사업체에서 사용한 자산이 H사의 사업에 활용되지 않았음을 증명하기 위해, 장부상 주요 자산 변동 내역 및 신규 설비 투자 증빙을 제시하였습니다.
• 적용 업종 해당 여부 소명
  - 조세특례제한법 및 국세청 유권해석에 따르면, 창업 당시 신고한 업종 코드와 실제 수행하는 사업 내용이 일부 차이가 있더라도, 감면 대상 업종에 해당하는 실질적인 사업 활동이 이루어졌다면 감면 적용이 가능합니다.
  - H사가 창업 이후 실제 수행한 IT 솔루션 개발 및 소프트웨어 공급 사업이 감면 대상 업종에 해당한다는 점을 입증하기 위해, 매출처별 거래 내역, 계약서, 프로젝트 수행 내역서, 소프트웨어 개발 산출물 등을 제출하였습니다.
  - 또한, 창업 당시 사업자등록증에 기재된 업종과 실질적인 사업 내용이 일치한다는 점을 보완하기 위해, 업종 코드 변경 신고 기록 및 국세청 질의 회신 자료를 추가로 제시하였습니다.
• 감면 기간 초과 적용 여부 소명
  - 조세특례제한법 제6조에 따르면, 창업중소기업 세액감면은 창업 후 5년간 적용되며, 감면 기간을 초과하여 적용할 경우 감면세액이 추징될 수 있습니다.
  - H사는 세액감면 적용 내역을 분석한 결과, 법에서 정한 감면 기간 내에서만 감면을 적용받았음을 확인하였습니다.
  - 이를 입증하기 위해, 법인세 신고서, 감면 적용 명세서, 국세청 홈택스 신고 기록 등을 조사팀에 제출하였습니다.

조사팀은 무사택스가 제출한 자료를 검토한 결과, H사가 창업중소기업 세액감면 요건을 충족하였으며, 기존 사업을 승계하지 않았다는 점을 인정하였습니다. 또한, 실제 수행한 사업 내용이 감면 대상 업종에 해당하며, 감면 기간도 초과 적용되지 않았다는 점이 입증되었습니다. 이에 따라, 감면세액이 유지되었으며 추가 과세 없이 조사가 종결되었습니다.