연구인력개발비 세액공제 세무조사대응

B사는 자동차 부품을 제조하는 중견기업으로, 생산 효율성을 높이고 불량률을 감소시키기 위해 새로운 생산설비 최적화 프로젝트를 수행하였습니다. 이를 위해 내부 연구소 소속 엔지니어와 생산부서 인력이 협업하였으며, 해당 연구개발 활동으로 발생한 인건비를 연구인력개발비 세액공제 대상으로 신청하였습니다.

• 조사팀은 B사의 연구인력개발비 세액공제 관련하여 다음과 같은 문제를 제기하였습니다.
• 연구개발 활동 적격성: 생산설비 최적화는 기존 기술의 단순 응용에 불과하며, 새로운 기술이나 제품 개발에 해당하지 않는다고 주장
• 연구인력의 적격성: 공제 대상에 포함된 일부 생산부서 인력이 연구개발 활동에 직접 참여했다고 보기 어렵다고 판단
• 증빙 자료 부족: 공제 신청 비용의 적격성을 입증하기 위한 연구일지, 프로젝트 기록, 인건비 산출 근거 등의 자료가 충분하지 않다고 지적

• 무사택스는 B사의 연구개발 활동과 공제 대상 인건비의 적격성을 체계적으로 입증하기 위해 다음과 같은 전략을 수립하였습니다.
• 연구개발 활동 적격성 소명
  - 판례에 따르면, 기존 설비를 최적화하거나 개선하는 연구활동도 기존 기술의 한계를 극복하거나 새로운 기술을 활용하는 경우 연구개발로 인정받을 수 있습니다.
  (예: 특정 판례에서는 기존 기술을 개량하여 생산 효율성을 높인 사례가 연구개발비 공제로 인정된 바 있습니다.)
  - 무사택스는 생산설비 최적화 프로젝트가 기존 기술의 단순 적용이 아니라, 설비 데이터 분석 및 새로운 공정 설계를 포함하는 연구개발 활동임을 입증하기 위해 상세 프로젝트 계획서와 설비 테스트 보고서를 제출하였습니다.
  - 프로젝트 수행 과정에서 발생한 기술적 난제와 이를 해결하기 위한 연구 과정을 연구노트와 기술 분석 자료로 보완하여 소명하였습니다.
• 공제 대상 연구인력의 적격성 입증
  - 심판례에 따르면, 연구개발에 실질적으로 참여하고 기여한 경우, 연구소 소속이 아닌 인력도 공제 대상에 포함될 수 있습니다.
  (예: 심판례에서는 연구개발팀과 협업하여 기여도가 인정된 생산부서 인력의 인건비가 공제 대상에 포함된 사례가 있습니다.)
  - 무사택스는 연구소와 생산부서 인력의 역할을 명확히 구분하고, 생산부서 인력이 프로젝트 수행 과정에서 연구개발 활동에 실질적으로 기여한 점을 입증하기 위해 작업 기록, 업무 분장표, 협업 보고서를 제출하였습니다.
  - 각 인력별 근무 시간표와 업무 분담 내역을 통해, 연구개발 활동에 참여한 시간을 명확히 산정하였습니다.
• 증빙 자료의 보완 및 신뢰성 강화
  - 연구개발 활동의 진행 과정을 체계적으로 정리한 연구일지와 회의록, 실험 데이터 기록을 보완하여 제출하였습니다.
  - 연구인력의 참여 내역을 명확히 입증하기 위해 프로젝트별 업무 분담표와 성과보고서를 작성하였으며, 공제 대상 인건비 산출 내역서를 구체화하였습니다.

조사팀은 무사택스가 제출한 자료를 검토한 결과, B사의 생산설비 최적화 프로젝트가 연구개발 활동으로 인정된다고 판단하였습니다.
특히, 생산부서 인력이 프로젝트 수행 과정에서 실질적으로 연구개발에 기여한 점을 확인하였으며, 이들의 인건비 일부가 세액공제 대상으로 인정되었습니다. 이에 따라, B사의 공제 신청이 대체로 인정되어, 추징세액을 최소화 할 수 있었습니다.