L사는 전자부품 등의 유통업을 영위하는 중소법인으로, 조사팀은 특정 거래처 A사를 세무조사한 후 A사가 허위세금계산서 공급자로 처분된 것을 근거로, L사의 거래 내역을 전수 조사하게 되었습니다. 조사 결과, L사 명의로 발급된 매출 18억 원, 매입 16억 원 상당의 세금계산서가 실물 거래 없이 발급된 것으로 의심되어, 조사팀은 총 34억 원의 가공세금계산서가 발급되었다며 특정범죄가중처벌법(이하 "특가법") 적용을 검토하였습니다.

쟁점은 해당 금액 중 어느 부분이 진성거래이고, 어느 부분이 허위인지를 명확히 가리는 것이며, 가공금액이 30억 원을 초과하면 형사고발로 인한 경/검찰의 수사, 재판, 그 결과 구속 또는 대규모 벌금으로 이어질 수 있는 특가법 적용 사안이라는 점에서 절박한 상황이었습니다.

• 조사팀은 아래와 같은 근거를 바탕으로 L사의 세금계산서 발급행위가 전면적으로 허위라고 판단하였습니다.
• 자료상 세무조사에 따라 파생된 세무조사
  - 본 건 세무조사는 거래상대방 A사에 대한 세무조사에서 A사가 허위세금계산서 공급자로 처분된 데 따라 파생된 조사로 실시되었음.
  - A사 외 일부거래처 역시 유사한 방식으로 세금계산서를 발급한 것으로 보임.
• 거래대금의 비정상적 흐름 존재
  - 세금계산서상의 공급가액과 실제 지급금액이 일치하지 않는 사례가 다수 존재하고, 일부 대금은 무통장입금·현금지급 등 추적이 어려운 방식으로 결제되었음.
  - 특히 일부 대금은 현금으로 인출되어 거래의 실재성에 대한 신뢰할 수 없음.
• 전액 허위거래로 판단한 구조적 근거
  - 수불내역, 창고 반입증, 운송장 등 실물 흐름을 증빙할 객관적 자료가 부족하거나 형식적임.
  - 계약서, 발주서 등도 일괄적으로 동일 양식이며, 진성거래라기보다는 세금계산서 발행을 전제로 한 명목상의 서류로 구성된 정황이 강하다고 판단함.

• 무사택스는 조사팀의 일괄적 가공 판단에 대해 거래별 사실관계의 세부 정리, 진성거래에 대한 구체적 증빙자료 제출, 판례상 특가법 적용 요건에 대한 법리적 반론을 중심으로 대응하였습니다.
• 진성거래 존재 사실의 구체적 입증
  - L사는 매출 3.5억, 매입 3억 상당의 거래가 실제로 이루어졌음을 납품확인서, 운송장, 거래명세표, 입출고내역, 배송 문자 등 물류 자료로 입증함.
  - 특히 거래처와 주고받은 발주·납품 일정 조율 문자, 카카오톡 메시지, 이메일 발송기록 등도 확보하여 거래의 실재성을 입증함.
• 자료상 연계조사의 한계 강조
  - A사 외에 조사팀이 의심한 거래처는 국세청에서 자료상으로 처분되지 않은 정상적인 거래처이고, A사와 거래가 유사한 것은 L사가 취급하는 제품이 모두 비슷한 제품이므로 거래차제는 유사할 수 밖에 없음을 설명함. 거래유형이 비슷하다고 하여 모두 허위의 거래로 보는 것은 가혹함.
  - 거래상대방이 모두 자료상이라는 전제 자체가 입증되지 않은 추론적 접근이며, 그 중 일부는 실거래가 존재했음을 입증할 수 있는 구체적인 자료가 충분하다는 점 설명함.
• 특가법 적용 배제 논리 구성
  - 대법원 판례에 따르면 특가법 적용 시 허위 금액은 “실질적으로 가공이 명백한 거래 합계”에 한정되며, 진성거래는 제외해야 함.
  - 이 사건에서 실거래로 입증된 금액(매출 3.5억, 매입 3억)은 총 가공금액에서 제외되어야 하며, 나머지 27.5억 원은 특가법 적용에 미달함.
  - 따라서 특가법이 아닌 조세범처벌법에 따라 통고처분 되어야 함을 설명함.

조사팀은 무사택스가 제출한 거래 입증자료와 법리적 해석을 종합 검토한 결과, 매출 3.5억, 매입 3억은 진성거래로 인정하였고, 나머지 금액만 가공거래로 판단하였습니다. 이에 따라 전체 가공 세금계산서 금액은 27.5억 원으로 축소되어 특가법 적용 기준인 30억 원에 미달되었고, 고발없이 통고처분으로 종결되었습니다.

이 결과 납세자는 경/검찰의 수사, 재판 등을 받지 않게 되었고, 이로 인해 구속 또는 거액의 벌금이 발생할 가능성을 원천적으로 차단하게 되어 중대한 실익을 얻게 되었습니다.